Le Comité Commun est composé des directeurs politiques des Ministères des Affaires Etrangères et des Chefs d’État-Major des Armées. Il est le niveau de commandement suprême du Corps Européen. Le Comité Commun se réunit régulièrement, une fois par an.

Pour la coordination et le suivi quotidien, le Comité Commun a mis en place le Groupe POLMIL, qui réunit les représentants du niveau politico-militaire issus des Ministères de la Défense des Nations Cadres. L’État-Major du Corps Européen est représenté au sein du Groupe MIL qui bénéficie de toute une série de différents sous-groupes de travail dans les domaines tels que les SIC (Systèmes d’Information et de Communication), le budget ou l’infrastructure.

Un comité spécial, le CODI (Comité Directeur) est établi au niveau des co-présidents des deux principaux groupes de travail, afin de préparer la réunion annuelle du Comité Commun et de statuer sur des problèmes communs en cas de nécessité. Enfin, le Conseil du QG du Corps Européen est le forum permettant aux Nations Contributrices de participer à la gestion multinationale de cette grande unité.

Les représentants de la nation secrétaire – responsabilité à rotation annuelle parmi les Nations Cadres – président tous ces organes.